Fort Scott (benannt nach General Winfield Scott) entstand 1842 als erste feste Siedlung im damals noch allein von Indianern bewohnten Gebiet des heutigen Bundesstaates Kansas. Die Stadt wurde Mittelpunkt des Bourbon County (benannt nach dem gleichnamigen County in Kentucky), das 1855 unter den ersten 33 Counties von Kansas war, die die erste verfassungsgebende Versammlung des Territory of Kansas bestimmte. Ursprünglich war das Gebiet 1803 im Rahmen des sog. “Louisiana Purchase” von Frankreich an die USA verkauft worden.